白癜风遮盖液 http://m.39.net/pf/a_8621314.html北京时间年11月12日凌晨0时，华大基因研究院、昆明动物研究所张国捷课题组联合合作者在Nature上以封面文章形式同期发表了两篇文章，报道了万种鸟类基因组计划第二阶段（科级别）的研究结果。
研究团队发表了种鸟类基因组数据，同时通过这一数据建立了无参考序列下多基因组比对和分析的新方法，并基于这一新方法阐明高密度物种取样对生物多样性研究的重要性。
传统的比较基因组学分析依赖于某个基因组作为参考序列建立全基因组比对，进而开展相关的比较分析。这一方法存在两个弊端，一是因为受制于参考基因组而无法识别出其他物种特异序列或者其他物种之间的差异序列，二是因为只获取单拷贝同源区域而丢失了由分支特异复制事件所带来的一比多或多比多的同源区域。在多物种比较分析中，由于基因复制、序列丢失或获得、染色体结构变异等事件存在的情况下，如何获取更真实且全面的序列同源关系用于后续系统发生关系的解析和比较基因组学相关分析尤为关键。
针对此问题，研究团队建立了适用于多物种且无参基因组的比对算法，Cactus。该算法基于预设的简易物种关系树，将复杂的多序列比对问题分解到物种分支上，对每个分支上的物种开展两两比对并构建出其祖先基因组序列，而后再基于祖先序列将同一分支以及不同分支的物种基因组排比在一起，从而构建出无参考序列的多基因组比对信息。
这一方法成功地解决了现有多序列比对软件的弊端。该方法也极大的提高了跨物种的比对效率，减少了由于与参考物种遗传距离差异引起的比对偏好何序列丢失。比如以只鸟类基因组构建的全基因组比对序列总长为Mb，比之前以鸡和斑胸草雀为参考基因组构建的48只鸟类全基因组比对序列在长度上提升了%。该方法文章以“ProgressiveCactus:amultiple-genomealignerforthethousand-genomeera”为题，张国捷教授和加州大学圣克鲁斯分校的BenedictPaten为文章的共同通讯。
无参的全基因组比对数据集为全面解析鸟类遗传多样性特征的演化历程和分子遗传机制提供了全新的切入点。在另外一篇文章“Densesamplingofbirddiversityincreasespowerof
